Eps İlişkili RNA öğesi - Eps-Associated RNA element
| eps ile ilişkili RNA öğesi | |
|---|---|
 EAR öğesi RNA'larının konsensüs ikincil yapısı | |
| Tanımlayıcılar | |
| Sembol | epsC motifi |
| Alt. Semboller | KULAK |
| Rfam | RF01735 |
| Diğer veri | |
| RNA tip | Cisdüzenleyici unsur |
| Alan (lar) | Bacillales |
| PDB yapılar | PDBe |
epsİlişkili RNA öğesi (KULAK; olarak da adlandırılır epsC motif) ile ilişkili korunmuş bir RNA motifidir ekzopolisakkarit (eps) veya kapsül biyosentez genler alt kümesinde bakteri içinde sınıflandırılmış sipariş Bacillales.[1][2] Başlangıçta keşfedildi Bacillus subtilis, ikinci ve üçüncü gen arasında bulunan eps operon (yani arasında epsB ve epsC). EAR öğesinin silinmesi bozuluyor biyofilm oluşumu.[1]
Karşılaştırmalı sıra hizalamaları ve yapısal araştırma verilerinin kombinasyonu, ikincil yapı EAR RNA'sı, beş sarmal segment (P1-P5) ve bir pseudoknot içerir[1][2] (şemaya bakınız). Genel olarak, korunan sarmal bölgeleri bozan mutasyonlar biyofilm oluşumunu şu yolla ortadan kaldırır: B. subtiliskorunmamış, değişken bölgelerdeki mutasyonlar böyle bir etki göstermez.[1] Bu nedenle, EAR'ın ikincil yapısı işlevi için önemli bir rol oynar. in vivo.
Şurada Transcript seviye, EAR motifinin bozulması, uzak konumdaki ifadede önemli bir azalmaya yol açar. eps genler (epsF-O) proksimal genleri etkilemeden (epsC-E).[1] Bu gözlemle tutarlı olarak, birkaç potansiyel içsel sonlandırıcı saç tokası içinde bulundu epsF kodlama bölgesi.[1] Yabani tipte bir EAR öğesi, bunların transkripsiyonel olarak okunmasını teşvik edebilir epsF sonlandırıcı siteler. Buna karşılık, EAR'ın mutasyonel bozulması, bunun yerine, epsF sonlandırıcılar.[1] EAR öğesi aynı zamanda heterolog sonlandırma sitelerinin okunmasını da destekler. Bu verilerden, EAR öğesinin kontrol ettiği varsayılmıştır. eps bir süreç yoluyla ifade fesih 16'nın tam sentezini sağlamak için mekanizma kilobaz operon.[1] Feshetme işlemine karşı, transkripsiyon zayıflaması genellikle başkaları tarafından kullanılan mekanizma cis-etkili düzenleyici RNA'lar, transkripsiyon uzatma kompleksinin, duraklatma ve sonlandırma sinyallerine dirençli hale gelmek için aksesuar faktörlerle değiştirildiği bir süreçtir. Şimdiye kadar, EAR, aşağıdakilere özel tek süreçli fesih önleme sistemidir Gram pozitif bakteriler. Diğer deneyler, EAR aracılı süreçli antiterminasyon mekanizmasını yeniden oluşturamadı laboratuvar ortamında veya içinde Gram negatif heterolog konak (E. coli ), ek olarak B. subtilisEAR antiterminasyonu için özel faktör (ler) de gerekli olabilir.[1]
Referanslar
- ^ a b c d e f g h ben Irnov I, Winkler WC (Mart 2010). "Bacillales'te biyofilm ve kapsüler polisakkarit operonlarının antiterminasyonu için gerekli bir düzenleyici RNA". Mol Microbiol. 76 (3): 559–575. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07131.x. PMID 20374491.
- ^ a b Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, vd. (Mart 2010). "Karşılaştırmalı genomik, bakteriler, arkeler ve bunların metagenomlarından 104 aday yapılandırılmış RNA ortaya koyuyor". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
Dış bağlantılar
- EpsC RNA sayfası -de Rfam