Jeffrey Skolnick - Jeffrey Skolnick

Jeffrey Skolnick
Doğum
Brooklyn, New York
Bilinenprotein yapısı analizi için hesaplama teknikleri
Ödüller
Bilimsel kariyer
Alanlar
Kurumlar
TezÇubuk Benzeri Polielektrolit Modeli Üzerinde Araştırmalar (1978)
Doktora danışmanıProfesör Marshall Fixman; Doktora
İnternet sitesiwww.Biyoloji.gatech.edu/insanlar/ jeffrey-skolnick

Jeffrey Skolnick Amerikalı hesaplamalı biyolog. O şu anda bir Gürcistan Teknoloji Enstitüsü Biyoloji Fakültesi Profesörü, Sistem Biyolojisi Araştırma Merkezi Mary and Maisie Gibson Başkanı, Georgia Research Alliance Hesaplamalı Sistem Biyolojisinde Eminent Scholar, the Director of the Computational Systems Biology Bütünleştirici BioSystems Enstitüsü ve daha önce Intellimedix'te Bilimsel Danışman olarak görev yaptı.[1]

Hesaplama algoritmalarının geliştirilmesine ve bunların protein yapısının ve işlevinin tahmini için proteomlara uygulanmasına, ilaç keşfi uygulamalarıyla küçük moleküllü ligand-protein etkileşimlerinin tahminine, mevcut ilaçların hedef dışı kullanımlarının tahmin edilmesine ve protein yapısı ve işlevinin belirlenmesinde protein fiziği ve evrim arasındaki etkileşimin araştırılması.

Skolnick, en çok sayısının ligand ciltli cepler proteinlerde oldukça küçüktür, bu nedenle ilaçların büyük ölçekli yeniden kullanımının işe yarama olasılığını haklı çıkarır. Bu, mevcut yaklaşımlardan daha yüksek doğruluk ve kesinlikte sanal ligand taramasında tahmin edilen ve deneysel yapıları kullanma yeteneği ile birleştiğinde, FDA onaylı ilaçların yeni etki mekanizmalarına sahip yüksek bir deneysel başarı olasılığı ile hesaplamalı olarak tanımlanmasını sağlayacaktır.[2][3][4]

Başlıca Keşifler

Protein yapıları ve etkileşimler kitaplığının tamlığı

Skolnick, tek alanlı protein yapılarının kütüphanesinin muhtemelen tamamlandığını ve doğada gözlemlenen kıvrımların yoğun polimer zincirlerinin sınırlanmasından kaynaklandığını ilk kez gösterdi. Ayrıca, bu yoğun polimer zincirlerinin ve hidrodinamik etkileşimlerin sınırlandırılmasının, hücrelerdeki difüzif süreçlere baskın katkıda bulunduğunu gösterdi. Dahası, hidrodinamik etkileşimler, önemli fonksiyonel sonuçlara sahip olabilecek büyük ölçekli zamansal ve uzamsal korelasyonları ortaya çıkardı.[2][3][5][6]

Ligand homoloji modellemesi

Ayrıca, protein fonksiyonu çıkarımı için iş parçacığı tabanlı FINDSITE yaklaşımı, bağlanma sahası tahmini ve sanal ligand taraması ile ligand homoloji modellemesi alanına öncülük etti. Araştırma, diş açma ile tanımlanan uzaktan ilişkili proteinlerin, güçlü bir şekilde korunmuş ankor fonksiyonel gruplarının yanı sıra bunların bağlanma özgüllüklerini açıklayan değişken bir bölge içeren kimyasal olarak benzer ligandlar tarafından işgal edilen ortak bir ligand bağlanma alanını paylaştığını gösterdi. Bu içgörüler, ligand tarama / bağlama poz tahmini için düşük çözünürlüklü tahmin yapılarının, yüksek çözünürlüklü deneysel yapılarla karşılaştırılabilir doğrulukla kullanılmasını sağlar. Sanal ligand taramada, en son sürüm olan FINDSITEcomb'un hem öngörülen hem de yüksek çözünürlüklü deneysel yapılarda daha geleneksel sanal tarama yaklaşımlarından çok daha iyi çalıştığı gösterildi.[7][8]

TASSER protein yapısı tahmini

Ayrıca, varyantları en iyi performans gösteren TASSER protein yapısı tahmin yaklaşımını geliştirdi. CASP ve temeli I-TASSER hizmet. TASSER, modelleri başlangıç ​​şablonundan daha doğal yapıya daha yakın olan ilk yöntemlerdendi.[9][10]

Odijk-Skolnick-Fixman elektrostatik kalıcılık uzunluğu

Skolnick'in Ph.D. Fixman ve Odijk ile birlikte "Çubuk Benzeri Bir Polielektrolit Modeli Üzerinde Araştırmalar" tezi, artık polielektrolitlerde elektrostatik kalıcılık uzunluğu için bir teori geliştirdi. Odijk-Skolnick-Fixman elektrostatik kalıcılık uzunluğu hala klasik kriter olarak kabul edilmektedir.[11][12]

Eğitim

Skolnick, 1975'te Washington Üniversitesi'nden kimya dalında lisans derecesi ile en yüksek dereceden mezun oldu. Washington Üniversitesi'nden sonra, 1977'de Kimya'da Felsefe Yüksek Lisansı ve doktora derecesi ile mezun olduğu Yale'ye geçti. Kimya'da sadece bir yıl sonra 1978'de.

Doktora derecesi “Çubuk Benzeri Polielektrolit Modeli Üzerine Araştırmalar” adlı tez, Dr. Marshall Fixman ile polimer istatistiksel mekaniği üzerine odaklandı. Skolnick ve Fixman tarafından açıklanan ve bağımsız olarak Theo Odijk tarafından geliştirilen yöntemler, polielektrolitlerin elektrostatik kalıcılık uzunluğunun temeli olarak hala kullanılmaktadır.[11]

Akademik Tanınma

Ödüller

Skolnick, American Association for the Advancement of Science, Biophysical Society ve St. Louis Academy of Science'da Fellow olarak kabul edilmiştir. Ayrıca Alfred P. Sloan Araştırma Bursu ile ödüllendirildi.[13][14][15][16]

Dergiler ve Yayın Kurulları

TarihGünlük
2012-günümüzYayın Kurulu, PeerJ[17]
2012-günümüzYapısal Biyoloji Bölüm Editörü, Biology Direct[18]
2011-günümüzYayın Kurulu, Current Bioinformatics[19]
2005-günümüzYayın Kurulu, Biology Direct[18]
2005-günümüzYayın Kurulu, Protein Science[20]
1998-günümüzYayın Kurulu, Proteins[21]

Kendisi aynı zamanda erken dönem yapısal proteomik şirketi GeneFormatics'in kurucularından biridir ve yazılımı Tripos tarafından ticarileştirilmiştir.[22]

Profesyonel kariyer

TarihDurum
2010-günümüzDirektör, Integrated Biosystems Institute, Georgia Institute of Technology[1]
2008-günümüzMary ve Maisie Gibson Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Başkanı[23]
2008–2010Yardımcı Direktör, Integrated Biosystems Institute, Georgia Institute of Technology[1]
2007–2012Yardımcı Profesör, Kimya ve Biyokimya Okulu, Georgia Teknoloji Enstitüsü
2006-günümüzMüdür, Center for the Study of Systems Biology, Georgia Institute of Technology[1]
2006-günümüzGRA Eminent Scholar, Computational Systems Biology [1]
2006-günümüzProfesör, Biyoloji Okulu, Georgia Teknoloji Enstitüsü[24]
2002–2005Direktör, Biyoinformatikte Buffalo Mükemmeliyet Merkezi[25]
2002–2005Profesör, Yapısal Biyoloji, University at Buffalo[26]
1999–2002Direktör, Hesaplamalı / Yapısal Biyoloji, Danforth Plant Science Center[27]

Patentler

11/23/1993 tarihinde yayınlanan 5,265,030 sayılı Patent. Proteinlerin üç boyutlu yapılarını belirleme sistemi ve yöntemi. Jeffrey Skolnick ve Andrzej Kolinski Mucitler.[28]

8/3/1999 tarihinde yayınlanan Patenti No. 5,933,819. Biyolojik olarak aktifepeptidlerin ve peptid taklitlerinin bağıl bağlanma motiflerinin tahmini. Jeffrey Skolnick, Mariusz Milik ve Andrzej Kolinski Mucitler.[29]

10/7/2003 tarihinde yayınlanan 6,631,332 sayılı Patent. Fonksiyonel site tanımlayıcılarını kullanma ve protein fonksiyonunu tahmin etme yöntemleri. Jeffrey Skolnick ve Jacquelyn S. Fetrow Mucitler.[30]

Referanslar

  1. ^ a b c d e "SURA, Georgia Tech Biyologunu Seçkin Bilim İnsanı Olarak Onurlandırdı". Proteomik Haftalık. NewsRX. 24 Mart 2014. Arşivlenen orijinal Mart 29, 2015. Alındı 3 Ağustos 2014.
  2. ^ a b Zhang, Y .; Hubner, I. A .; Arakaki, A. K .; Shakhnovich, E .; Skolnick, J. (14 Şubat 2006). "Tek alanlı protein yapılarının kökeni ve büyük olasılıkla eksiksizliği hakkında". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 103 (8): 2605–2610. doi:10.1073 / pnas.0509379103. PMC  1413790. PMID  16478803.
  3. ^ a b Skolnick, Jeffrey; Zhou, Hongyi; Brylinski, Michal (14 Haziran 2012). "Çözülmüş Tek Alanlı Protein Yapıları Kitaplığının Olası Tamlığı İçin Daha Fazla Kanıt". Fiziksel Kimya B Dergisi. 116 (23): 6654–6664. doi:10.1021 / jp211052j. PMC  3351587. PMID  22272723.
  4. ^ "Protein çalışması, ilaç yan etkilerinin kaçınılmaz olduğunu gösteriyor". Bugün İlaç Keşfi. 23 Mayıs 2013.
  5. ^ Zhang, Yang (2009). "Protein yapısı tahmini: ne zaman faydalıdır?". Yapısal Biyolojide Güncel Görüş. 19 (2): 145–155. doi:10.1016 / j.sbi.2009.02.005. PMC  2673339. PMID  19327982.
  6. ^ Saltsman, Kirstie. "Moleküllerin Hücrelerin İçinde Nasıl Hareket Ettiğini Modelleme". Ulusal Sağlık Enstitüleri.
  7. ^ Brylinski, M .; Skolnick, J. (28 Aralık 2007). "Ligand bağlama sahası tahmini ve fonksiyonel açıklama için iş parçacığı tabanlı bir yöntem (FINDSITE)". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 105 (1): 129–134. doi:10.1073 / pnas.0707684105. PMC  2224172. PMID  18165317.
  8. ^ Karypis, George; Rangwala, Huzefa (16 Mart 2011). Protein Yapısı Tahminine Giriş: Yöntemler ve Algoritmalar. John Wiley & Sons. s. 349. ISBN  978-1-118-09946-9.
  9. ^ Zhang, Yang; Arakaki, Adrian K .; Skolnick Jeffrey (2005). "TASSER: CASP6'daki protein üçüncül yapılarının tahmini için otomatik bir yöntem". Proteinler: Yapı, İşlev ve Biyoinformatik. 61 (S7): 91–98. doi:10.1002 / prot.20724. PMID  16187349.
  10. ^ Roy, Ambrish; Küçükural, Alper; Zhang, Yang (25 Mart 2010). "I-TASSER: otomatikleştirilmiş protein yapısı ve işlev tahmini için birleşik bir platform". Doğa Protokolleri. 5 (4): 725–738. doi:10.1038 / nprot.2010.5. PMC  2849174. PMID  20360767.
  11. ^ a b Skolnick, Jeffrey; Fixman, Marshall (1977). "Bir Solucan Benzeri Polielektrolitin Elektrostatik Kalıcılık Uzunluğu". Makro moleküller. 10 (5): 944–948. doi:10.1021 / ma60059a011.
  12. ^ Dias, Rita; Lindman, Bjorn. Polimerler ve Yüzey Aktif Maddeler ile DNA Etkileşimleri. John Wiley & Sons. s. 26.
  13. ^ "Geçmiş Dostlar". Alfred P. Sloan Vakfı. Arşivlenen orijinal 25 Şubat 2016'da. Alındı 3 Ağustos 2014.
  14. ^ "AAAS Haberleri ve Notları". American Association for the Advancement of Science. Arşivlenen orijinal 30 Temmuz 2012.
  15. ^ "Biyofizik Topluluğu Üyesi Ödülü". biophysics.org. Biyofizik Topluluğu. Alındı 3 Ağustos 2014.
  16. ^ "Akademi Üyeleri". academyofsciencestl.org. St. Louis Bilim Akademisi. Alındı 3 Ağustos 2014.
  17. ^ "Danışma Kurulu ve Editörler Hesaplamalı Biyoloji". http://peerj.com/. PeerJ. Alındı 3 Ağustos 2014. İçindeki harici bağlantı | web sitesi = (Yardım)
  18. ^ a b "Yayın Kurulu". biologydirect.com. Biyoloji Doğrudan. Alındı 3 Ağustos 2014.
  19. ^ "Yayın Kurulu ::: Güncel Biyoinformatik". Bentham Bilim. Alındı 3 Ağustos 2014.
  20. ^ "Protein Science - Yayın Kurulu - Wiley Online Library". Protein Bilimi. doi:10.1002 / (ISSN) 1469-896X.
  21. ^ "Proteinler: Yapı, İşlev ve Biyoinformatik - Yayın Kurulu - Wiley Çevrimiçi Kitaplığı". Proteinler: Yapı, İşlev ve Biyoinformatik. doi:10.1002 / (ISSN) 1097-0134.
  22. ^ Hoerr, Dorothy. "Biyoteknoloji İşi". Albright Koleji. Alındı 3 Ağustos 2014.
  23. ^ "İLAÇ KEŞİFİ VE TERAPİ DÜNYA KONGRESİ 2015". ddtwc.com/. Arşivlenen orijinal 11 Ağustos 2014. Alındı 3 Ağustos 2014.
  24. ^ "Georgia Tech Research, İlaç Yan Etkilerinin Kaçınılmaz Olduğunu Önerdi". Küresel Biyolojik Savunma. Stemar Media Group, LLC. Alındı 3 Ağustos 2014.
  25. ^ Drury, Tracey (1 Mart 2004). "Biyoinformatik bilim adamları UB'den Simpson tarafından canlandırıldı". Buffalo Business First. İş Dergileri. Alındı 3 Ağustos 2014.
  26. ^ "UB Honors Pataki, Yeni Biyoinformatik Direktörünü Karşıladı". WBFO Buffalo'nun NPR Haber İstasyonu. 10 Mayıs 2002. Alındı 3 Ağustos 2014.
  27. ^ Hopkin, Karen (12 Haziran 2002). "Hesaplamalı Biyologlar Katılıyor". Bio-ITWorld. Cambridge Healthtech Enstitüsü. Alındı 3 Ağustos 2014.
  28. ^ ABD patenti 5265030 
  29. ^ ABD patenti 5933819 
  30. ^ ABD patenti 6631332 

Dış bağlantılar