Moleküler Etkileşim Haritaları - Molecular Interaction Maps

Moleküler Etkileşim Haritaları, Ayrıca şöyle bilinir MIM'ler, tasvir etmek için grafik bir gösterimdir hücresel ve moleküler etkileşimler. 1999'da Kurt W. Kohn tarafından oluşturuldu.[1] MIM konvansiyonu, aşağıdakileri içeren ağların kesin temsilini yapabilir: çoklu protein kompleksleri, protein modifikasyonları ve enzimler diğer enzimlerin substratlarıdır. Bu grafik temsil, belirli bir etkileşimin olduğu birçok etkileşimin tümünü görüntülemeyi mümkün kılar. molekül dahil olabilir ve biyoregülasyon ağlarında yaygın olan rekabet eden etkileşimleri tasvir edebilir. Veritabanlarına bağlantıyı kolaylaştırmak için, her moleküler tür bir diyagramda yalnızca bir kez temsil edilir. MIM gösterimi, MIM gösteriminin temelini oluşturur ve MIM gösteriminin daha da geliştirilmesi, Systems Biology Grafik Gösterim (SBGN) konsorsiyumu, sistemlerde incelenen biyokimyasal ve hücresel süreçleri gösteren diyagramları standartlaştırmak için uluslararası bir çaba Biyoloji. Gösterime yönelik bir güncelleme 2006'da yayınlandı.[2]

Yorumlama Modları

  • Açık: Durumlar yalnızca açıkça gösterilen etkileşimlerden oluşur
  • Sezgisel: Varlıklar, açıkça gösterilmeyen durumların mümkün olabileceği durum havuzları olarak kabul edilir
  • Kombinatoryal: Buluşsal yönteme benzer, ancak tüm durumların gerçekleştiği varsayılır. MIM notasyonunun kombinatoryal yorumu 2006 tarihli bir yayında açıklanmıştır.[3]

İlişkili Meta Veriler

MIM diyagramlarına tipik olarak, diyagram içindeki etkileşimleri açıklayan bilimsel yayınlarla ilgili bir dizi alıntı ve yorum eşlik eder. Ek olarak, diyagramlara, diyagramda, aşağıda açıklanan gen adı gibi yaygın olarak kullanılan tanımlayıcılarla ilişkilendirici öğeleri listeleyen bir liste eşlik eder. HUGO Gen İsimlendirme Komitesi.

Dış bağlantılar

Referanslar

  1. ^ Kohn KW. Memeli hücre döngüsü kontrolü ve DNA onarım sistemlerinin moleküler etkileşim haritası. Mol Biol Hücresi (1999)
  2. ^ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Biyoregülasyon ağlarının moleküler etkileşim haritaları: sistem biyolojisi için genel bir değerlendirme tablosu. Mol Biol Hücresi (2006) doi:10.1091 / mbc.E05-09-0824
  3. ^ Kohn KW, Aladjem MI, Kim S, Weinstein JN, Pommier Y. Moleküler etkileşim harita gösterimi ile kombinatoryal karmaşıklığı tasvir etme. Mol Syst Biol. 2006; 2: 51. (2006) doi:10.1038 / msb4100088