Moleküler Modelleme Araç Seti - Molecular Modelling Toolkit

MMTK
Orijinal yazar (lar)Konrad Hinsen
İlk sürüm4 Ocak 2000; 20 yıl önce (2000-01-04)
Kararlı sürüm
2.7.4 / 28 Nisan 2011; 9 yıl önce (2011-04-28)
YazılmışPython, C
İşletim sistemiÇapraz platform
TürBiyoinformatik
İnternet sitesiDirac.cnrs-orleans.fr/ MMTK/

Moleküler Modelleme Araç Seti (MMTK) bir açık kaynak yazılı yazılım paketi Python, ortak görevleri yerine getiren moleküler modelleme.[1]

Moleküler Modelleme Araç Seti, biyomoleküler simülasyonlara vurgu yaparak ortak moleküler simülasyon tekniklerini uygulayan bir kütüphanedir. Biyomoleküller için yaygın olarak kullanılan büyük monolitik simülasyon programları ile ilişkili sınırlamaların üstesinden gelmek için modern yazılım mühendisliği tekniklerini (nesne yönelimli tasarım, yüksek seviyeli bir dil) kullanır. Başlıca avantajları (1) modüler kütüphane tasarımı sayesinde kolay genişletme ve diğer kütüphanelerle kombinasyon, (2) tek bir yüksek seviyeli genel amaçlı programlama dili (Python) hem kütüphane uygulaması hem de uygulama komut dosyaları için kullanılır (3 ) tüm veri dosyaları için belgelenmiş ve makineden bağımsız formatların kullanımı ve (4) diğer simülasyon ve görselleştirme programlarına arayüzler.

— Konrad Hinsen, Moleküler Modelleme Araç Seti: Moleküler Simülasyonlara Yeni Bir Yaklaşım, [1]

28 Nisan 2011 itibariyleMMTK, yaklaşık 18.000 satır Python kodu, 12.000 satır elle yazılmış C kodu ve bazı makine tarafından üretilen C kodundan oluşur.

Özellikleri

  • proteinler ve nükleik asitler için özel destekle moleküler sistemlerin yapımı
  • sonsuz sistemler veya periyodik sınır koşulları (ortorombik temel hücreler)
  • koordinatlarda ortak geometrik işlemler
  • sert gövde uyuyor
  • harici PDB ve VRML görüntüleyicileri kullanarak görselleştirme; dinamik yörüngelerin ve normal modların animasyonu
  • AMBER 94 kuvvet alanı, elektrostatik etkileşimleri ele almak için çeşitli seçeneklerle
  • proteinler üzerinde hızlı normal mod hesaplamaları için bir deformasyon kuvveti alanı
  • enerji minimizasyonu (en dik iniş ve eşlenik gradyan)
  • moleküler dinamik (isteğe bağlı termostat, barostat ve mesafe kısıtlamalarıyla)
  • normal mod analizi
  • yörünge operasyonları
  • nokta şarj uyuyor
  • moleküler yüzey hesaplamaları
  • diğer programlara arayüzler

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b Hinsen K (2000). "Moleküler Modelleme Araç Seti: Moleküler Simülasyonlara Yeni Bir Yaklaşım". J. Comput. Kimya. 21 (2): 79–85. doi:10.1002 / (SICI) 1096-987X (20000130) 21: 2 <79 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-B.

Dış bağlantılar