Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) - The Cancer Imaging Archive (TCIA)

Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) açık erişimli bir veritabanıdır tıbbi görüntüler için kanser Araştırma. Site tarafından finanse edilmektedir. Ulusal Kanser Enstitüsü (NCI) Kanser Görüntüleme Programı ve sözleşme, Tıp Bilimleri için Arkansas Üniversitesi. Arşivdeki veriler, tipik olarak ortak bir kanser türünü ve / veya anatomik siteyi paylaşan koleksiyonlar halinde düzenlenir. Verilerin çoğu şunlardan oluşur: CT, MR, ve nükleer Tıp (Örneğin. EVCİL HAYVAN ) içinde depolanan görüntüler DICOM biçimidir, ancak araştırma kullanımını geliştirmek için birçok başka destekleyici veri türü de sağlanır veya bunlara bağlanır.[1] Tüm verilerin kimliği, Sağlık Sigortası Taşınabilirlik ve Sorumluluk Yasası ve Ulusal Sağlık Enstitüleri veri paylaşım politikaları.

TCIA kaynaklarının şunları desteklemesi amaçlanmıştır:

  • Bilgisayar destekli tanı yöntemlerinin geliştirilmesi (kantitatif görüntüleme)
  • Tarafsız bilim tekrarlanabilirliğinin kabul edilebilir standart istatistiksel yöntemlerle değerlendirilmesi
  • Klinik tanısal tıbbi görüntülerin dijital mikroskobik histolojik görüntülerle korelasyonu üzerine araştırma
  • Görüntülemenin temel unsur olduğu keşif amaçlı biyobelirteç araştırması
  • Görüntülemenin, hastalar arasında ve tümör içinde tümör heterojenliği üzerine araştırma için çok önemli olduğu disiplinler arası araştırmacılar arasında işbirliği; doku geçici yanıt izleme - tümör ilerlemesinin objektif ölçümleri; görüntüleme genomiği ve Büyük Veri bağlantıları ve analizi (klinik, histo-patoloji, genomik)[2]

TCIA, Nature Scientific Data, PLOS One için önerilen bir depo olarak kabul edilmektedir.[3] ve F1000Research.[4] Ayrıca, Araştırma Veri Havuzlarının Kaydı.[5]

Tarih

TCIA'nın yaratılmasından önce NCI, Ulusal Biyomedikal Görüntüleme Arşivi. NBIA bir açık kaynak Web uygulaması DICOM görüntülerinin depolanmasına ve sorgulanmasına izin vermek için tasarlanmıştır. TCIA daha sonra, tıbbi görüntüleme araştırmalarıyla ilişkili teknik ve politik zorlukların ele alınmasına yardımcı olacak bir hizmet bileşenini finanse ederek veri paylaşım faaliyetlerini genişletmek için Aralık 2010'da başlatıldı. TCIA, hizmetlerini sağlamak için NBIA ve Clinical Trials Processor gibi açık kaynaklı araçlardan yararlanır.[6][7]

Arşivin organizasyonu

Site içeriği beş kategoride düzenlenmiştir:[8]

  • Hakkımızda - Siteyi işletmekten sorumlu kuruluşların siteye genel bir bakış sağlar.
  • Verilerinizi Paylaşın - Verileri arşive yüklemek için nasıl başvurulacağına dair bir genel bakış sağlar.
  • Arşive Erişim - Mevcut veriler, bu verilere erişim yöntemleri ve sistem kullanım ölçütleri hakkında bilgi sağlar.
  • Araştırma Faaliyetleri - TCIA verileri kullanılarak yürütülen başlıca araştırma girişimleri hakkında bilgi ve yayın yönergeleri hakkında bilgi sağlar.
  • Yardım - Arşivi kullanarak nasıl destek alınacağı, dokümantasyon ve veri kullanım ilkeleri hakkında bilgi sağlar.

Verilere erişim yöntemleri

Cancer Imaging Archive'daki koleksiyonların çoğuna bir hesap olmadan erişilebilir, ancak birkaçı belirli kullanıcılarla sınırlıdır ve bu nedenle bunlara erişmek için bir hesap gerekir.[2] TCIA, verilere göz atmak, onları filtrelemek ve indirmek için çeşitli yollara sahiptir. Onlar içerir:

  • Bir koleksiyonun tüm içeriğini toplu olarak indirme
  • Kaldıraç NBIA koleksiyonlar içinde veya arasında filtreleme veya arama yapma uygulaması
  • Kullanma RESTful Uygulama programlama Arayüzü koleksiyonlar içinde veya arasında filtreleme veya arama yapmak için

Tarama, toplu indirme ve destekleyici verilere erişim

Ana sayfa mevcut tüm koleksiyonların bir listesini içerir. Kanser türü, kanser yeri, modaliteleri ve denek sayısı gibi veriler hakkında temel bilgiler de verilmektedir. Bir koleksiyon adına tıklamak, orijinal araştırma amacını, verilerin nasıl oluşturulduğunu ve diğer TCIA kullanıcıları için nasıl yararlı olabileceğini de içeren verileri açıklayan bir sayfa sunar. Örneğin, doi:10.7937 / K9 / TCIA.2015.L4FRET6Z NSCLC-Radiomics-Genomics Koleksiyonunu açıklar. Sayfanın alt bölümünde, Veri Erişimi sekmesinde resimleri ve herhangi bir destekleyici veriyi aramak veya indirmek için bağlantılar vardır. Ek sekmeler, veri sürümleri ve yayınlarda kullanılıyorsa verilerin nasıl alıntılanacağı hakkında bilgi sağlar.

Pek çok koleksiyon, genomik bilgiler, hasta demografisi, tedavi ayrıntıları ve görüntülerin uzman analizleri gibi ek veri türlerini içerir. Bu veriler genellikle NBIA'da arama yapmak veya API kullanmak yerine yalnızca koleksiyon sayfalarına göz atarak bulunur.

NBIA ile filtreleme veya arama

Her Koleksiyon sayfasında ve ayrıca sitenin ana menüsünde "TCIA Ara" bağlantıları vardır. Bu, basit, gelişmiş ve serbest metin aramalarına izin veren NBIA uygulamasını yükleyecektir. Arama sonuçları, hasta -> çalışma -> serilerinin geleneksel DICOM hiyerarşisini takip eder. TCIA, NBIA yazılımının çeşitli özellikleri hakkında kapsamlı belgeler sağlar.[9]

RESTful API

API aracılığıyla bir dizi arama ve indirme komutu da mevcuttur. API üzerindeki yeni yinelemeler yeni sürümler olarak yayınlanır, böylece API'nin eski sürümlerine karşı geliştirilen mevcut uygulamalar çalışmaya devam eder.[10]

Araştırma faaliyetleri

TCIA verilerine dayanan bilinen yayınların bir listesi, daha önce nasıl kullanıldığını araştırmak isteyebilecek araştırmacılar için kolaylık sağlamak amacıyla tutulur.[11] Hakemli yayınlara ek olarak, sitenin Araştırma Faaliyetleri bölümünde açıklanan birkaç önemli araştırma girişimi de vardır.

Radyojenomik Araştırma için CIP TCGA Radyoloji Girişimi

Çok sayıda koleksiyon, NIH / NHGRI olarak bilinen veritabanının bir parçası olarak analiz edilen konuları içerir. Kanser Genom Atlası (TCGA). Bu, araştırmacılara, TCGA kapsamlı genomik analiz, dijital patoloji slaytları ve bireysel demografik verilerin ve klinik verilerin toplu indirilmesinde bulunan her çalışmada paylaşılan benzersiz tanımlayıcıları kullanarak klinik görüntüleri ilişkilendirme yeteneği sunar. Zamanlarını gönüllü olarak veren çok kurumlu bir araştırmacılar ağı, verileri prognozu belirlemek veya tedaviye yanıtı tahmin etmek için yöntemler geliştirmek için kullanıyor.[12] TCGA koleksiyonları, TCGA Veri Portalı tarafından paylaşılan isimlendirme ile belirlenir.[13] (örneğin: TCGA-BRCA, TCGA-GBM, vb.). TCIA hakkındaki diğer kamuya açık verilerden benzersiz olan özel bir yayın politikasına tabidirler.[14]

Meydan okuma yarışmaları

TCIA ayrıca MICCAI gibi uluslararası dijital görüntü odaklı profesyonel topluluklar gibi "Zorluk" yarışmaları için kullanılan belirli veri kümeleri sağlar, SPIE veya ISBI. Sitede önceki ve gelecek zorlukların bir dizini tutulur.[15]

Dijital nesne tanımlayıcıları

Veri paylaşımını kolaylaştırmak için, birçok yayın, yazarları bilimsel makalelerinde açıklanan sonuçları oluştururken kullandıkları verilere veri alıntıları eklemeye teşvik eder. Ek olarak, veri toplamalarını doğrudan açıklamak için artık yeni dergiler mevcuttur (ör. Doğa Bilimsel Veriler). TCIA, gönderildiklerinde tüm koleksiyonlara dijital nesne tanımlayıcıları (DOI'ler) atar ve ayrıca TCIA içinde tutulan veri alt kümelerine bağlı olarak yazarların bilimsel makalelerindeki veri alıntıları için kullanabilecekleri kalıcı tanımlayıcılar oluşturma yeteneğine sahiptir.[16]

Dış bağlantılar

Referanslar

  1. ^ Vendt, Clark (Haziran 2013). "Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA): Bir Kamu Bilgi Havuzunun Bakımı ve İşletilmesi". Dijital Görüntüleme Dergisi. 26 (6): 1045–57. doi:10.1007 / s10278-013-9622-7. PMC  3824915. PMID  23884657.
  2. ^ a b "Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) - Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) Hakkında". Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA). Alındı 2016-03-24.
  3. ^ "PLOS ONE: hakemli bilimlerin yayınlanmasını hızlandırmak". journals.plos.org. Alındı 2016-06-11.
  4. ^ "Veri yönergeleri - F1000Research". f1000research.com. Alındı 2016-06-11.
  5. ^ "Kanser Görüntüleme Arşivi | re3data.org". service.re3data.org. Alındı 2016-06-11.
  6. ^ Clark, Kenneth; Vendt, Bruce; Smith, Kirk; Freymann, John; Kirby, Justin; Koppel, Paul; Moore, Stephen; Phillips, Stanley; Maffitt, David (2013-07-25). "Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA): Bir Kamu Bilgi Havuzunun Bakımı ve İşletilmesi". Dijital Görüntüleme Dergisi. 26 (6): 1045–1057. doi:10.1007 / s10278-013-9622-7. ISSN  0897-1889. PMC  3824915. PMID  23884657.
  7. ^ "Kanser Görüntüleme Arşivi". Kanser Görüntüleme Programı - Ulusal Kanser Enstitüsü. Alındı 2016-03-24.
  8. ^ "Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) - Kanserin tıbbi görüntülerinin büyüyen arşivi". Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA). Alındı 2016-03-24.
  9. ^ "Kanser Görüntüleme Arşivi Kullanım Kılavuzu - TCIA Çevrimiçi Yardım - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  10. ^ "TCIA Programatik Arayüzü (REST API) Kullanım Kılavuzu - Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) Genel Erişim - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  11. ^ "Yayınlar - Cancer Imaging Archive (TCIA) Public Access - Cancer Imaging Archive Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  12. ^ "CIP TCGA Radyoloji Girişimi - Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) Kamu Erişimi - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  13. ^ TCGA Veri Portalı
  14. ^ "Veri Kullanım Politikaları ve Kısıtlamaları - Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) Kamu Erişimi - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  15. ^ "Zorluk yarışmaları - Kanser Görüntüleme Arşivi (TCIA) Kamu Erişimi - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.
  16. ^ "TCIA Dijital Nesne Tanımlayıcıları - TCIA DOI'ler - Kanser Görüntüleme Arşivi Wiki". wiki.cancerimagingarchive.net. Alındı 2016-03-24.